个税起征点基于税前收入计算，即从应发工资中先减5000元基本减除费用，再扣社保、公积金及专项附加扣除，余额为应纳税所得额；税后实发工资不可作为起征点计算基准。
如果您在计算工资个税时对起征点的计算基准存在疑问，例如不确定是依据税前收入还是税后实发金额进行扣除，则需明确：个税起征点的适用基础是税前收入。以下是对此问题的具体说明：
一、个税起征点基于税前总收入
个人所得税的起征点（即基本减除费用标准）作用于纳税人取得的税前收入，在扣除法定项目前即开始适用。该5000元标准并非从已扣税后的到手工资中再行减除，而是作为计算应纳税所得额的初始抵扣项。
1、确认当月全部工资薪金收入总额，包括基本工资、绩效奖金、津贴补贴等所有货币性收入；
2、从中直接减除每月5000元的基本减除费用；
3、再减去个人负担的社保和住房公积金部分；
4、最后减去符合条件的专项附加扣除（如子女教育、赡养老人等）；
5、剩余金额为应纳税所得额，据此查找对应税率表计算应纳税额。
二、起征点不适用于税后收入
税后收入是完成个税扣缴后的实际发放金额，已包含法定税费扣除结果。若误将税后工资作为起征点判断依据，会导致重复扣除或漏缴风险，因为税后金额本身已是“扣除过个税”的净额。
1、获取工资条中“应发工资”栏目数值，而非“实发工资”；
2、核对“代扣代缴个人所得税”栏是否已单独列示；
3、确认“五险一金个人缴纳部分”是否已在应发工资中先行扣除；
4、以应发工资减去5000元及各项法定扣除后的余额为计税基础，而非实发工资减5000元。
三、不同收入类型适用规则差异
工资薪金所得与劳务报酬、稿酬、特许权使用费等非工薪类收入，在起征点应用方式上存在结构性区别。其中仅工资薪金所得可按月累计享受5000元基本减除费用；其余三类则按次计算，每次收入额即为起始基数。
1、对工资薪金所得，每月统一适用5000元/月的基本减除费用；
2、对劳务报酬所得，每次收入不超过4000元的，减除费用800元；超过4000元的，减除20%费用；
3、稿酬所得、特许权使用费所得，均按次减除20%费用，且稿酬所得再按70%计入应纳税所得额；
4、上述三类收入不适用5000元月度起征点，不可与工资薪金所得合并或交叉抵扣。
