FIMO HTML报告中的圆角值仅为前端CSS装饰,不可提取且不关联分析数据;应使用TSV/BED输出结合seqlogo或D3.js等工具自定义绘图。

FIMO 输出的 HTML 报告本身不包含图形圆角值(如 border-radius 的具体数值),这些圆角是浏览器渲染 SVG 或 CSS 样式时的视觉表现,而非可提取的数据字段。
HTML 中没有圆角值的原始数据
FIMO 的 HTML 输出本质是静态报告页面,其图形(如 motif logo、track 图)由内联 SVG 或 Canvas 渲染,圆角效果来自预设的 CSS 类(例如 .logo-box 或 .track),但这些类的 border-radius 值并未暴露为可解析的结构化数据:
- 所有样式都硬编码在
标签或内联style="border-radius: 4px;"中,且通常无语义命名 - 圆角值(如
4px、6px)不与任何 motif ID、位置或得分绑定,无法映射到具体匹配结果 - 不同 FIMO 版本生成的 HTML 中,该值可能变化(例如 v5.5.0 用
4px,v5.6.0 改为3px),不具备稳定性
想获取圆角对应的实际图形区域?别从 HTML 解析
如果你真正需要的是“某个 motif 匹配区域在图中对应的可视范围(含圆角边界)”,这条路走不通——FIMO 不输出像素级布局信息。可行替代路径包括:
- 直接读取 FIMO 的 TSV 输出(
--oc指定目录下的fimo.tsv),它含start、stop、strand、score等真实坐标和置信度 - 用
seqlogo或ggseqlogo重绘 motif logo,完全控制圆角、尺寸、配色等 SVG 属性 - 若需嵌入网页并自定义圆角,建议把 FIMO 的 TSV 结果喂给 D3.js 或 Plotly,自己生成带可控
rx/ry的 SVG 矩形
FIMO 的 HTML 圆角只是 UI 装饰,不影响分析逻辑
所有圆角纯属前端美化,和 motif 打分、p 值、FDR、序列覆盖等核心分析结果零关联:
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- 圆角不会改变
start/stop坐标精度,也不影响 BED 文件导出内容 - 用
fimo --html和fimo --text处理同一输入,得到的匹配列表完全一致 - 如果发现 HTML 里某处“看起来圆角更大”,大概率是浏览器缩放、字体渲染差异或相邻元素 box-shadow 叠加造成的错觉
真正要复现或自动化处理图形样式,得绕过 HTML,盯住 TSV/BED 输出 + 自定义绘图工具链。FIMO 的 HTML 就是个快览界面,不是数据源。











