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FIMO输出HTML包含图形圆角值吗_FIMO输出HTML圆角数据详情【说明】

星夢妙者

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发布时间:2026-01-29 19:27:11

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来源于php中文网

原创

FIMO HTML报告中的圆角值仅为前端CSS装饰,不可提取且不关联分析数据;应使用TSV/BED输出结合seqlogo或D3.js等工具自定义绘图。

fimo输出html包含图形圆角值吗_fimo输出html圆角数据详情【说明】

FIMO 输出的 HTML 报告本身不包含图形圆角值(如 border-radius 的具体数值),这些圆角是浏览器渲染 SVG 或 CSS 样式时的视觉表现,而非可提取的数据字段。

HTML 中没有圆角值的原始数据

FIMO 的 HTML 输出本质是静态报告页面,其图形(如 motif logo、track 图)由内联 SVG 或 Canvas 渲染,圆角效果来自预设的 CSS 类(例如 .logo-box.track),但这些类的 border-radius 值并未暴露为可解析的结构化数据:

  • 所有样式都硬编码 标签或内联 style="border-radius: 4px;" 中,且通常无语义命名
  • 圆角值(如 4px6px)不与任何 motif ID、位置或得分绑定,无法映射到具体匹配结果
  • 不同 FIMO 版本生成的 HTML 中,该值可能变化(例如 v5.5.0 用 4px,v5.6.0 改为 3px),不具备稳定性

想获取圆角对应的实际图形区域?别从 HTML 解析

如果你真正需要的是“某个 motif 匹配区域在图中对应的可视范围(含圆角边界)”,这条路走不通——FIMO 不输出像素级布局信息。可行替代路径包括:

  • 直接读取 FIMO 的 TSV 输出(--oc 指定目录下的 fimo.tsv),它含 startstopstrandscore 等真实坐标和置信度
  • seqlogoggseqlogo 重绘 motif logo,完全控制圆角、尺寸、配色等 SVG 属性
  • 若需嵌入网页并自定义圆角,建议把 FIMO 的 TSV 结果喂给 D3.js 或 Plotly,自己生成带可控 rx/ry 的 SVG 矩形

FIMO 的 HTML 圆角只是 UI 装饰,不影响分析逻辑

所有圆角纯属前端美化,和 motif 打分、p 值、FDR、序列覆盖等核心分析结果零关联:

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  • 圆角不会改变 start/stop 坐标精度,也不影响 BED 文件导出内容
  • fimo --htmlfimo --text 处理同一输入,得到的匹配列表完全一致
  • 如果发现 HTML 里某处“看起来圆角更大”,大概率是浏览器缩放、字体渲染差异或相邻元素 box-shadow 叠加造成的错觉

真正要复现或自动化处理图形样式,得绕过 HTML,盯住 TSV/BED 输出 + 自定义绘图工具链。FIMO 的 HTML 就是个快览界面,不是数据源。

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