chmod 不清除扩展属性，仅修改权限；PHP 的 chmod() 同样安全，xattr 默认保留；丢失 xattr 多因复制、重命名或重写操作，非 chmod 本身导致。
chmod 不保留扩展属性的原因
Linux 下的 chmod 命令默认只修改文件权限（mode），不触碰扩展属性（xattr），比如 SELinux 的 security.selinux、ACL（system.posix_acl_access）或自定义元数据。但很多人误以为“改了权限就丢属性”，其实是 chmod 本身不操作 xattr，不是它主动清除——真正清空扩展属性的是某些特定场景：比如用 cp 复制再覆盖、或某些 PHP 文件函数在非原子写入时触发内核重置。
PHP 中安全修改权限且不破坏 xattr 的做法
PHP 的 chmod() 函数底层调用 chmod(2) 系统调用，和 shell 命令行为一致：只改 mode，不动 xattr。所以只要不用涉及复制/重命名/重写文件的操作，它就是安全的。
- 直接用
chmod()修改权限，xattr 保持原样 —— 这是最简单也最可靠的方式 - 避免先
copy()再unlink()+rename()，这类组合会丢失 xattr（除非目标文件系统支持并启用cp --preserve=xattr，但 PHP 不提供该能力） - 若必须重写内容（如
file_put_contents($f, $data, LOCK_EX)），注意：这会 truncate 并重写 inode 数据，但 xattr 通常被保留（ext4/xfs 默认支持）；不过 SELinux 策略可能根据上下文重置security.selinux，需验证
需要显式保留/恢复 xattr 的罕见情况
只有当你在 PHP 中做了「先读取原始 xattr → 修改权限 → 再把 xattr 写回去」这类操作时，才涉及主动管理。常见于部署脚本或安全加固工具中。PHP 本身不内置 xattr 支持，需依赖 ext-xattr 扩展（非默认启用）。
- 确认扩展已加载：
extension_loaded('xattr') - 读取并备份：
xattr_get($path, 'security.selinux') - 执行
chmod($path, 0644) - 恢复（仅当值非空且策略允许）：
xattr_set($path, 'security.selinux', $orig_val) - 注意：
xattr_set()需要进程有CAP_SYS_ADMIN或对应 capability，Web 服务器用户（如 www-data）通常没有，会失败
实际检查与验证方法
别靠猜测，用命令行快速验证当前文件是否还带着关键 xattr：
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getfattr -d /path/to/file
或只看 SELinux 标签：
ls -Z /path/to/file
如果改完权限后 ls -Z 输出变了，问题不在 chmod()，而在你之前或之后的某步操作（如 chown()、restorecon、systemd-tmpfiles 或容器 runtime 自动 relabel）。
扩展属性的持久性高度依赖文件系统类型、挂载选项（如 user_xattr）、内核版本和安全模块配置。没有通用“保留开关”，只有对每一步 I/O 操作的精确控制。
