背景
PyMOL是一个开源项目，目前由Schrödinger开发、支持和管理，已更新至2.4版。PyMOL提供企业版、政府和学术版、教学版以及开源版。除了开源版和教学版，其余版本需要付费购买。从网络上下载的教育版PyMOL功能受限，对于需要高级功能如图片渲染的用户来说非常不便。本文将详细介绍如何在Windows 32位和64位系统上安装免费的开源版PyMOL，涵盖2.1、2.3和2.4等版本。PyMOL的运行依赖于Python环境和PMW模块。
什么是PyMOL：
PyMOL软件名称由“Py”和“MOL”组成：“Py”代表它基于Python语言开发，“MOL”表示它用于展示分子（molecule）结构。选择PyMOL的理由在于它是一款功能强大的分子可视化软件，具有以下优点：1. 高质量的科学论文图形；2. 动画制作；3. 文档文件和会话文件的并存；4. 鼠标操作与命令行操作的结合；5. 免费的开源代码。PyMOL适用于创作高品质的小分子或生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。
PyMOL的安装是通过Python包（Python Wheels）进行的。因此，在开始安装之前，需要根据系统的位数（32位或64位）和Python版本选择合适的PyMOL包。例如，如果系统是Windows 64位，并且使用或计划安装Python 3.7，可以选择下载pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl或pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，分别对应PyMOL 2.3和PyMOL 2.4版本。
Python安装
PyMOL安装
安装PMW时，在命令行中输入：python -m pip install pmw，成功安装后会显示：Successfully installed pmw-2.0.1
下载并安装PyMOL包
根据系统位数和Python版本选择相应的PyMOL包下载，并将其放置在某个磁盘的根目录。在本例中，我们选择安装pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl。切换到PyMOL包下载目录，在命令行中输入：python -m pip install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
找到并运行PyMOL程序
找到pymol.exe并运行。
