已取得合法有效增值税专用发票但未抵扣的，须通过增值税发票综合服务平台完成勾选确认：一、登录平台（需UKey/税控盘及驱动）；二、进入抵扣勾选模块筛选发票；三、勾选并提交抵扣；四、申请统计并确认数据；五、处理异常情形。
如果您已取得合法有效的增值税专用发票，但尚未完成进项税额抵扣，则需通过增值税发票综合服务平台完成勾选确认操作。以下是具体可行的操作步骤：
一、登录增值税发票综合服务平台
登录前需确保税务UKey或税控盘已正确连接电脑，并安装对应驱动及客户端控件。系统支持IE9以上版本、谷歌或火狐浏览器。
1、打开浏览器，访问所在省份的增值税发票综合服务平台网址，例如福建省平台为https://fpdk.fujian.chinatax.gov.cn。
2、点击“首次访问请下载驱动程序和应用客户端”，下载并安装所需驱动与控件。
3、插入税务UKey，输入数字证书密码，点击“登录”按钮进入平台。
4、登录后核对首页显示的当前税款所属期是否准确，如不匹配需联系主管税务机关核实权限配置。
二、进入发票抵扣勾选模块
该步骤用于定位待处理发票，系统默认仅展示当期可勾选的未勾选发票，需通过条件筛选提高效率。
1、在平台首页导航栏点击【抵扣勾选】，再点击【发票抵扣勾选】。
2、在查询条件区域，勾选状态选择“未勾选”，开票日期设置为发票实际开具的起止区间（必须填写，为必录项）。
3、根据需要补充输入发票代码、发票号码、销方税号等字段，以缩小查询范围；发票类型默认为全部，可手动限定为“增值税专用发票”或“增值税电子专用发票”。
4、点击【查询】按钮，下方勾选操作区将列出符合条件的发票列表。
三、勾选并提交抵扣发票
勾选动作即表示纳税人确认该发票用于当期申报抵扣，系统将锁定其有效税额参与统计计算。
1、在发票列表中逐张勾选需抵扣的发票前复选框，支持多张同时勾选。
2、如需调整实际抵扣税额（如部分金额暂不抵扣），可在对应行修改“有效税额”，输入值须大于零且小于等于发票税额。
3、全部勾选完毕后，点击【提交】按钮，弹出勾选认证信息对话框。
4、核对对话框中显示的发票份数、税额合计无误后，点击【确定】完成提交。
四、申请统计并确认抵扣数据
提交勾选后必须执行统计操作，否则勾选数据不生效，无法作为当期申报依据。
1、返回【抵扣勾选】模块，点击【抵扣勾选统计】。
2、点击右上角【申请统计】按钮，系统将自动汇总当前属期所有已勾选发票的进项税额。
3、核对统计表中“抵扣合计”栏数据，确认与会计账簿记录一致。
4、点击【确认】按钮，系统弹出提示框，确认保存后，该统计结果即成为当期申报的法定进项依据。
五、异常情形处理技巧
当发票未出现在查询结果中或勾选失败时，需按不同原因分别应对，避免错过申报期。
1、若查询无结果，先检查开票日期是否跨属期，再排查是否误设发票状态为“作废”或“红冲”；可切换“发票状态”为“全部”重新查询。
2、若发现发票已显示“已勾选”，但非本企业操作，立即进入【统计确认】→【确认历史信息】核查往期勾选记录。
3、如误将发票勾选为“退税”用途，需前往【税务数字账户】→【发票查询统计】→【全量发票查询】，定位该发票后点击【撤销勾选】再重新操作。
4、对于海关缴款书、农产品发票等特殊凭证，须进入【抵扣勾选】→【海关缴款书】或【代扣代缴完税凭证】子模块单独处理，不可在通用发票勾选界面操作。
