FIMO HTML报告不包含组层级关系，仅扁平化展示匹配结果；需通过外部脚本、自定义渲染或浏览器可视化等手段实现分组结构。
FIMO HTML输出默认不包含组层级关系
FIMO 本身生成的 HTML 报告（如 fimo.html）只展示匹配位点列表、序列 logo、位置分布图等，不嵌入任何输入 BED/GFF 中的组（group）、track 或自定义层级信息。它把所有匹配结果扁平化处理，按 p-value 排序后统一呈现。
如果你的输入是多个 motif 分别运行 FIMO，或用 --oc 输出多个子目录，HTML 文件之间也无超链接或导航结构体现“组”关系——每个 HTML 是孤立报告。
想保留组结构，得靠外部组织而非FIMO原生功能
FIMO 没有 --group-by、--track-name 或类似参数来注入分组元数据。要让 HTML 体现层级，只能在调用 FIMO 后手动处理：
- 用不同
--oc目录分别运行 FIMO（例如按 motif family 或样本类型分组），再用脚本生成一个顶层index.html，内含指向各组子目录下fimo.html的链接 - 把原始输入 BED 文件中的
name或score列当组标识，在 FIMO 输出的fimo.tsv中通过awk或 Pandas 加回该字段，再用自定义模板渲染 HTML（绕过 FIMO 自带 HTML 生成） - 若用 MEME Suite Web 版提交多组任务，其项目页面会显示任务分组，但导出的单个 FIMO HTML 仍不携带该上下文
常见误判点：混淆GFF group属性与FIMO输出
有人以为给 FIMO 输入 GFF，并在 group 字段写 ID=MyMotifGroup，就能让 HTML 显示该分组——这是错的。FIMO 解析 GFF 时只取 seqid、start、end 和 strand，group、ID、Parent 等属性被完全忽略。错误现象包括：
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- 输入 GFF 第 9 列含
ID=FOXA1_cluster1;Name=FOXA1_siteA，但fimo.html表格里找不到FOXA1_cluster1 - 用
fimo --gff输出的 GFF 结果也不带原始 group 属性，是全新生成的简单 GFF3 格式
真正能传递层级的替代方案
如果必须在最终 HTML 中体现组结构，推荐放弃 FIMO 自带 HTML，改用轻量级组合：
- 用
fimo --text或--tsv得到结构化结果，用 Python（Pandas + Jinja2）或 R（rmarkdown）按motif_id/sequence_name/ 自定义列分组，生成带折叠菜单、Tab 页或侧边栏导航的 HTML - 将 FIMO 结果导入 IGV 或 UCSC Genome Browser，用
track配置实现可视化层级（此时 group 关系由 track 名称和 visibility 控制） - 对多个 FIMO 运行结果，用
multi-fimo-report.py类工具（如 meme-suite 提供的motif-prioritization扩展）聚合并生成带比较视图的 HTML
关键在于：FIMO 是 motif 扫描器，不是报告生成器。它的 HTML 是调试副产品，别指望它承载元数据结构。组层级必须由你控制输入拆分方式或后续渲染逻辑来补全。
