FIMO生成的HTML报告不包含笔刷纹理路径字段,因其仅输出内联SVG或base64图片,纹理由seqlogo内存实时渲染,无外部资源引用。

HTML输出里没有笔刷纹理路径字段
FIMO 生成的 HTML 报告(如 fimo.html)本质是结果摘要页,只包含匹配位点、序列 logo、统计表格等可视化内容,不嵌入任何原始笔刷纹理(brush texture)的路径或资源引用。所谓“笔刷纹理”,通常指 MEME Suite 中用于绘制序列 logo 的 SVG 渲染样式(比如带渐变/噪点的碱基填充),它由 seqlogo 工具在内存中实时合成,不会导出为独立文件路径写入 HTML。
为什么你找不到 brush_texture_path 这类字段
FIMO 本身不处理图形渲染,也不生成纹理资源;它的输出是纯文本 TSV/HTML + 外部调用 seqlogo 生成 SVG。HTML 中的 logo 是内联 SVG 或 base64 编码的图片,没有指向外部纹理文件的 src 或 data-brush-path 属性:
- FIMO 输出的 HTML 源码里搜索
brush、texture、pattern均无匹配 - SVG 元素中只有
、和内联fill样式,无或引用外部资源 - MEME Suite 5.5+ 默认关闭纹理渲染,改用纯色+透明度模拟“笔刷感”,更不会生成路径
想保留或复现类似笔刷效果?得绕过 HTML 直接操作
如果你需要可定制的、带纹理的序列 logo,必须跳过 FIMO 的 HTML 生成流程,手动调用 seqlogo 并控制参数:
- 用
fimo --text输出匹配位点,再用seqlogo -f读取 FASTA 或 MEME motif 文件 - 加
-b参数启用基础笔刷模式(仅旧版 seqlogo 支持,新版已移除) - 现代做法是导出 SVG 后用 Python(
svgpathtools)或 JS(D3)注入定义,再替换原 logo 的fill - 注意:FIMO 的 HTML 不提供 motif ID 到 SVG 元素的 DOM 映射,无法通过 JS 动态注入纹理
检查你实际拿到的是不是 FIMO 原生 HTML
有些用户把第三方工具(如 TOMTOM 报告、或自定义 R/Shiny 封装)误认为 FIMO 输出,那些页面可能自行添加了纹理预览区——但那和 fimo --html 无关:
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- 确认命令是
fimo --html motifs.meme input.fa,且未拼接其他工具链 - 打开生成的
fimo.html,查看内容:如果是,就不可能有路径- 如果看到
FIMO 的 HTML 是静态快照,不携带资源路径元数据;所有“纹理”都是即时渲染的视觉假象,不是可提取的资产。真要路径,得自己造。./logos/motif1.svg这类相对路径,说明是人工重打包或用了非标准 wrapper - 如果看到











