ChemDraw Pro 具备全面的化学绘图能力，适用于化学结构的绘制、编辑与分析。其基础功能涵盖各类化学键、箭头、选择工具及常用结构模板，支持结构自动优化、化学错误警示、自定义模板库和俗名管理。其中，Acylic Chain 工具可高效构建无环碳链，便于复杂分子的初始搭建，是日常绘图中的实用功能之一。
该软件还集成 ChemProp 模块，可用于预测化合物的物理化学性质，并提供 TLC 薄层色谱与凝胶电泳图绘制功能，辅助实验人员进行物质分离与检测分析。
相比之下，ChemBio3D Ultra 更侧重于三维分子建模与计算化学应用。它不仅包含 ChemDraw Pro 的绝大多数绘图功能（仅缺少 TLC/Gel 图谱绘制模块），还拓展了多项高级特性，如 3D 眼镜显示支持、与 ChemDraw 实时联动、CLogP 和 pKa 计算、形式电荷分析、氢键识别以及 MM2 力场优化等，广泛应用于药物设计、分子构象研究和化学模拟领域。
此外，ChemBio3D Ultra 支持与 MOPAC、Gaussian、GAMESS 等量子化学软件的数据交互，并可通过接口连接 Autodock 与 Conflex，实现分子对接与构象搜索功能。其内置 ChemScript 脚本引擎，在化学出版物制作与自动化处理中发挥重要作用。
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在数据管理方面，ChemBioFinder Std 提供多种实用工具，而 ChemBioFinder/Office 则支持化学结构检索、列表整合、多视图数据显示、脚本编写、隐氢标准化处理及标签样式自定义等功能，满足化学与生物信息学领域的多样化需求。
同时，用户可通过 ChemDraw/Excel 模块实现结构与表格数据的联动处理，提升数据分析效率。系统还支持通过 Dropbox 进行云端存储，确保化学数据的安全性与可访问性。
值得注意的是，尽管 ChemBio3D Ultra 功能更为强大，但目前尚未推出 macOS 版本；而 ChemDraw Pro 完美支持 Mac 平台。因此，用户应根据操作系统兼容性及具体应用场景合理选择软件工具。
