当玩家的综合等级达到50级后，便可以在主城寻找商会管理员，选择创建或加入一个商会。创建商会需支付100万海币，并设定一个独一无二的商会名称。而加入商会时则需留意各商会设定的不同门槛，例如国籍限制、战力要求，或是否需要成员邀请。通过游戏内商会搜索功能，可以快速筛选并申请符合自己条件的组织。
在商会界面中，能够查看商会的基本信息，如名称、会长与副会长名单以及当前成员列表。会长拥有最高权限，可编辑商会宗旨、更改名称并管理日常事务。商会升级依赖全体成员的金币捐献，随着等级提升，不仅仓库容量扩大，可容纳的成员数量也会增加。
商会仓库是资源存储的核心区域。初始容量较小，但可通过升级扩容。在北海等市场价格波动剧烈的区域，提前囤积货物再择机出售，能有效提升贸易收益。此外，商会宝库用于存放完成海事与冒险任务所获得的稀有战利品，成员可用贡献值兑换，价格普遍低于市场价。需注意，宝库中的物品每周会进行一次清空重置。
商会任务包含海事、商业与冒险三大类型，是获取金币与物资的关键来源。每周任务内容和地点随机刷新，确保玩法不重复。其中商业投资任务最具策略性，需全体会员共同投票决定投资项目与执行时机，一旦成功，将为整个商会带来可观收益与积分奖励。
大航海时代传说的商会系统不仅增强了玩家间的互动协作，也为航海家提供了成长与发展的重要平台。
