3 命令管理
3.1 命令连接符
当需要一次性执行多个命令时，可以同时输入，这些命令之间可以用分号“；”隔开，如下所示：
在上面的例子中，多个命令是独立执行的，按照输入顺序依次运行。对于需要相互依赖的命令，可以使用逻辑连接符“&&”和“||”进行连接，具体如下：
cmd1&& cmd2：如果cmd1执行成功，则执行cmd2，否则不执行；
cmd1|| cmd2：如果cmd1执行成功，则不执行cmd2，否则执行。
具体示例如下：
3.2 管道命令
管道命令（pipe）由多个命令组成，用于处理数据流，但与命令的连续执行或条件执行不同，后续命令只能处理前一个命令传来的正确输出，命令之间使用“|”分隔。
例如，我们可以列出etc目录下的所有文件，并将结果分页显示，示例如下：
另外，可以查询服务器用户登录信息，并筛选出“tengwk”用户的信息，提取用户名和登录时间：
命令：xargs
该命令可以让不支持管道命令的指令使用标准输入内容，示例如下：
命令ls -l只能作用于文件和路径，不能处理标准输入的内容，因此不支持管道命令，会列出所有文件。然而，xargs可以将标准输入的内容转换为命令的操作对象。该命令还可以生成命令的参数，例如-p选项可以提示用户是否执行命令，用户可以输入y（是）或n（否）来决定：
xargs的具体参数如下：
-n后跟数字，表示命令执行时一次使用的参数个数，默认是使用所有参数；
-P修改最大进程数（即一次提交的最大任务数），默认是1；
-i或-I，将xargs的每一行参数赋值给{}，例如：ls *.out | xargs -i mv {} {}.txt。
3.3 软件脚本
在Linux中，可以使用命令充分调用各种软件（脚本）来完成分析任务，也可以将Linux命令整合为shell脚本，方便管理和修改。
命令：perl
在Linux中调用perl脚本并输出结果，示例如下：
perl perl02.pl
命令：Rscript
在Linux中调用R脚本并输出结果，示例如下：
Rscript r01.R
命令：sh
执行多命令整合成的shell脚本，示例如下：
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对于已安装的软件，调用时需要使用完整的绝对路径，例如Mothur，需要输入/sdd/userLogin/zhengjw/softwares/mothur/mothur并按回车输入命令，或者直接输入命令，示例如下：
对于经常使用的软件，我们可以将其路径添加到环境变量PATH中，以便直接调用，首先需要修改用户主目录下的配置文件，示例如下：
最后执行source命令激活环境变量：
source ~/.bashrc
这样就可以直接调用mothur：
3.4 任务管理
命令：nohup……&
表示命令在后台无间断运行，示例如下：
命令：jobs
查看当前用户在当前窗口中正在运行的脚本程序，示例如下：
命令：ps
列出当前用户正在运行的程序，示例如下：
列出正在运行的程序及其完整路径：
参数选项的含义如下：
u：显示与当前用户相关的进程；
x：通常与a参数一起使用，可以列出更完整的信息（包括程序执行路径）；
f：按照程序运行时间排序。
注意这些命令参数选项前不需要加“-”。
命令：kill
结束当前正在运行的某个程序，示例如下：
kill PID
kill %程序编号
其中%后面跟的是jobs查看的程序编号，示例如下：
命令：top
动态显示当前系统正在执行的进程的相关信息，包括进程ID、内存占用率、CPU占用率等，示例如下：
