第一种方法其实很不好，因为ng-checked过多会在同一个scope上产生大量的$watcher。影响性能。

这个你可以看看 angular ng-checked 的源代码

javascript// boolean attrs are evaluated
forEach(BOOLEAN_ATTR, function(propName, attrName) {
  // binding to multiple is not supported
  if (propName == "multiple") return;

  var normalized = directiveNormalize('ng-' + attrName);
  ngAttributeAliasDirectives[normalized] = function() {
    return {
      restrict: 'A',
      priority: 100,
      link: function(scope, element, attr) {
        scope.$watch(attr[normalized], function ngBooleanAttrWatchAction(value) {
          attr.$set(attrName, !!value);
        });
      }
    };
  };
});

可以看出有多少 ng-checked 就会有多少个 $watcher。这样做绝对不是最佳实践。

第二种方法如你所说确实不好（不要把dom操作的思想暴漏到view，一点都不行）。

分析一下需求，其实这个需求分析成angular模型的思想。可以是这样。

全选按钮 -> A

checkbox1 -> A1
checkbox2 -> A2
checkbox3 -> A3
checkbox4 -> A4

当 A 的model的值为(true value) 时，A1-A4model的值改成(true value)；然后再指令中执行触发$digest循环。这样。所有checkbox就别变过来了。这样就不会产生$watcher。而且实现了全选的目标。

给你一段随手写的代码:

html<label checkbox-select-all group="['checkbox1', 'checkbox2', 'checkbox3']">全选</label>
<p>
    <input type="checkbox" ng-model="checkbox1"> 1
    <input type="checkbox" ng-model="checkbox2"> 2
    <input type="checkbox" ng-model="checkbox3"> 3
</p>

javascriptdirective('checkboxSelectAll', ['$parse', function($parse){
    var linkFn = function(scope, element, attrs){

        var group = $parse(attrs.group || '[]')(scope);

        element.on('click', function(){
            scope.$apply(function(){
                group.forEach(function(checkbox){
                    scope[checkbox] = true;
                });
            });
        });

    };

    return {
        restrict: 'A',
        link: linkFn
    }

}])

这样的话，这样就不会发生你说的第二种请情况。
这样的形式有很强的扩展能力。（有空了可以实现一下）可以支持分类全选。(以上只是随手写的代码)。

其实我觉得题主最这个问题的疑惑可能是因为熟悉了使用DOM操作来解决问题。其实我以前也是这样。（我现在有时也还是这样）。很正常。

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今天下班之后根据设想的模型实现了一个草稿版（随便实现的，缺少双向绑定）。放到了 Plunker上。
这个版本是草稿本。有很多地方不完善，比如 ng-true-value, ng-false-value 等功能。

我个人感觉第一种方法就可以，用第二种方法的话，感觉有点杂了。