__proto__ 是实例（如 tidy）访问原型对象，同时它是非标准的，ES5 标准方法是 Object.getPrototypeOf()
prototype 是构造函数（如 Dog） 访问原型对象

可以这样验证

function Dog() {}
var tidy = new Dog();

// 它们引用的是同一个内存地址，即它们的原型。
tidy.__proto__ === Dog.prototype

但是到这里并没有体现基于原型链的继承

function Dog() {}
function Animal() {}

// 实现原型链继承
Dog.prototype.__proto__ = Animal.prototype;

var tidy = new Dog();

// tidy 的原型指向 Dog.prototype
tidy.__proto__ === Dog.prototype

// 因为 Dog.prototype.__proto__ === Animal.prototype
// tidy 的原型的原型（形成原型链）指向 Animal.prototype
tidy.__proto__.__proto__ === Animal.prototype

// 原型链的终端是 Object.prototype
tidy.__proto__.__proto__.__proto__ === Object.prototype

// 再往前就是 null 了
tidy.__proto__.__proto__.__proto__.__proto__ === null

又有人问这个问题了,__proto__本质上其实是标准里规定的[[prototype]]属性，原本是不可用 js 访问的，后来（据说标准里又规定可以）firefox 和 chrome 中把这个属性命名为__proto__。后来ES又添加了函数getPrototypeof，这样就可以通过这个函数来访问这个属性，所以这个__proto__现在不是标准的一部分。

然后，再说new的创建过程，当执行new func()的时候，执行过程如下：
1、首先创建一个新的对象，比如叫 obj；
2、obj.[[prototype]] = func.prototype;
3、令this=obj,执行函数 func;
4、如果 func 的返回值是一个对象，则 new 的返回值就是这个对象，否则返回值是 obj

当 __读取__（注意是读取）对象的属性的时候，返回值是：

if(obj.prop) 
    return obj.prop
else if(obj.[[prototype]].prop) 
    return obj.[[prototype]].prop;
else if(obj.[[prototype]].[[prototype]].prop) 
    return obj.[[prototype]].[[prototype]].prop;
//......一直这样找下去
else { return undefined;}

如下图：

var Fish = new Function(){} 
//等价于 
var Fish = function(){}

根据上面大神的解释，我总结了一下，作用域链的指向如下

以下代码可以直接运行，大家可以试一下

代码一

<script type="text/javascript">

var animal = function(){};
var dog = function(){};

animal.price = 2000;
dog.__proto__ = animal;
var tidy = new dog();

console.log(dog.__proto__ === animal) //true
console.log(dog.__proto__.__proto__ === animal.__proto__) //true
console.log(dog.__proto__.__proto__.__proto__  === Object.prototype) //true
console.log(dog.__proto__.__proto__.__proto__.__proto__  === null) //true

console.log(tidy.__proto__  === dog.prototype) //true
console.log(tidy.__proto__.__proto__ === dog.prototype.__proto__) //true
console.log(tidy.__proto__.__proto__ === Object.prototype) //true
console.log(tidy.__proto__.__proto__.__proto__ === null) //true

console.log(dog.price) //2000
console.log(tidy.price) // undefined

</script>

代码二

<script type="text/javascript">

var animal = function(){};
var dog = function(){};

animal.price = 2000;
dog.prototype = animal;

var tidy = new dog();

console.log(tidy.__proto__  === dog.prototype) //true
console.log(tidy.__proto__.__proto__  === animal.__proto__) //true
console.log(tidy.__proto__.__proto__.__proto__ === Object.prototype) //true
console.log(tidy.__proto__.__proto__.__proto__.__proto__ === null) //true

console.log(dog.__proto__  === Function.prototype) //true
console.log(dog.__proto__.__proto__  === Object.prototype) //true
console.log(dog.__proto__.__proto__.__proto__  === null) //true

console.log(dog.price) //undefined
console.log(tidy.price) // 2000

</script>

tidy是对象，而dog是function。可以这么理解，prototye指定类型（函数）基类，而__proto__获得对象的原型链

function 拾人牙慧（）{
//我觉得重点在于理解下面这段语句：
var tidy = new dog();
//即
tidy.__proto__ === dog.prototype；
}

另外dog.prototype = animal; 是不会影响原dog()函数中的属性。
而dog.__proto__指向了animal,所以dog.price继承了animal.price
不知道理解是否得当，有错误请指出。