灵机一动，解决了。
代码如下：

 <% for(var i in arr){ %>
   <li><%= arr[i] %></li>
   <% } %>

    <script src="js/ejs.min.js"></script>
    <script src="js/jquery.min.js"></script>
    <script id="template" type="text/template">
        {{ for(var i in arr){ }}
        <li>{{= arr[i] }}</li>
        {{ } }}
    </script>
    <script type="text/javascript">
        ejs.open = '{{';  
ejs.close = '}}';
var template = $('#template').html();
var dom = ejs.render(template,{"arr":['lzy','dophin','ejs']});
$("body").append(dom);
    </script>

你第一个操作是对的，浏览器就是不会对内容进行渲染，你看到的仅仅是语法高亮而已，实际上是不渲染的。