因为

for (var i = 0; i<10; i++) {
   setTimeout(function(){console.log(i)});
}

for (var i = 0; i<10; i++) {
    (function(i){
       setTimeout(function(){console.log(i)});
    })(i)
}

所以

for(var i=0;i<bookARR.length;i++){
    (function(i) {
        Book.getBookByISBN(bookARR[i],function(err,book){
            if(!book||err){
                console.log("huidiao"+bookARR.length)
                console.log("在里面"+bookARR[i]);
                newBook.push(bookARR[i]);
            }else{
                newBook_id.push(book._id);
            }
            ep.emit('examine');
        })
    })(i);
}

在callback 中带上 bookARR[i]

前面已经说了原因了，其实就是在你定义Book.getBookByISBN（）这个函数里面的回调调用的地方传入bookArr[i]就好了，理解一下形参和实参

这是个典型的异步问题，i的作用域还在其中。
因为异步等你 getBookByISBN 方法调用callback的时候 i=bookARR.length。这已经越界了,所以是undefined.

解决方：
1.闭包
2.let