搭建自己的本地云平台，QIIME2图形界面玩转16S分析（WSL2+Docker+Galaxy qiime2）

雪夜

发布： 2025-09-04 08:53:23

原创

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之前我曾分享过一个有关 qiime2 图形界面的笔记，名为《qiime2 图形界面版（q2studio）》，这是由 qiime2 团队开发的工具。然而，最近 qiime2 团队似乎转向了使用 galaxy 平台，并在 qiime 2 2021.4 版本中加入了对 galaxy 的支持。他们还发布了官方宣传和安装视频，这些视频也被转载到公众号上。虽然之前的视频没有字幕，看起来有些困难，但现在已经重新添加了中英文双语字幕并进行了校对。

https://www.php.cn/link/ac83d3f400e95a5d31e7c59d2743bf73?

今天我将分享如何在我们日常使用的 Windows 电脑上搭建一个 QIIME2 Galaxy 环境，以便愉快地进行 16S 数据分析。虽然与官方方法略有不同，但最终目标是一致的。如果你使用的是 Mac，过程会更简单，只需安装 Docker 客户端即可。

在安装 WSL2 时，请注意必须使用 WSL2，因为 WSL1 不支持 Docker。Windows Docker 可以使用，但前提是你的操作系统必须是旗舰版，相信大多数同学的电脑都是家庭版。如果你之前安装了旧版本的 WSL 且不想删除，也没关系，两个版本可以共存。好了，让我们开始吧！一位朋友已经写好了安装教程，我在这里直接转载一下：在 Win10 下同时使用 WSL1 和 WSL2 子系统，提升开发效率 (icode9.com)[1]。

搭建自己的本地云平台，QIIME2图形界面玩转16S分析（WSL2+Docker+Galaxy qiime2）打开 Ubuntu 18.04.5 on Windows，恭喜你，完成了第一步！

搭建自己的本地云平台，QIIME2图形界面玩转16S分析（WSL2+Docker+Galaxy qiime2）如红框所示，完成这些操作后，你就得到了一个标准的 WSL2。我安装的是 Ubuntu 18.05，一个非常稳定的版本。

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制```javascript lsb_release -aNo LSB modules are available.Distributor ID: UbuntuDescription: Ubuntu 18.04.5 LTSRelease: 18.04Codename: bionic

<pre class="brush:php;toolbar:false;">
你可能会遇到默认软件源在国外导致下载安装软件速度慢的问题，解决方法是更换镜像源。
<p>代码语言：javascript代码运行次数：0<svg fill="none" height="16" viewbox="0 0 16 16" width="16" xmlns="<a href="https://www.php.cn/link/c9041cfd2a40932691855abd98fd219a">http://www.w3.org/2000/svg"><path</a> d="M6.66666 10.9999L10.6667 7.99992L6.66666 4.99992V10.9999ZM7.99999 1.33325C4.31999 1.33325 1.33333 4.31992 1.33333 7.99992C1.33333 11.6799 4.31999 14.6666 7.99999 14.6666C11.68 14.6666 14.6667 11.6799 14.6667 7.99992C14.6667 4.31992 11.68 1.33325 7.99999 1.33325ZM7.99999 13.3333C5.05999 13.3333 2.66666 10.9399 2.66666 7.99992C2.66666 5.05992 5.05999 2.66659 7.99999 2.66659C10.94 2.66659 13.3333 5.05992 13.3333 7.99992C13.3333 10.9399 10.94 13.3333 7.99999 13.3333Z" fill="currentcolor"></path></svg>运行<svg fill="none" height="16" viewbox="0 0 16 16" width="16" xmlns="<a href="https://www.php.cn/link/c9041cfd2a40932691855abd98fd219a">http://www.w3.org/2000/svg"><path</a> clip-rule="evenodd" d="M4.5 15.5V3.5H14.5V15.5H4.5ZM12.5 5.5H6.5V13.5H12.5V5.5ZM9.5 2.5H3.5V12.5H1.5V0.5H11.5V2.5H9.5Z" fill="currentcolor" fill-rule="evenodd"></path></svg>复制<pre class="brush:php;toolbar:false;">javascript sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bcakupsudo vim /etc/apt/sources.list# 键盘输入以下，删除原有内容d99d# 要粘贴的内容如下deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiversedeb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiversedeb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiversedeb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiversedeb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiversedeb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiversedeb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiversedeb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiversedeb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiversedeb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse# 按ESC键退出编辑模式，键盘输入以下就可以保存啦！:wq</code></pre><p>安装 Docker 如果你不介意 Docker 的版本，只要能用就好，一条命令就能解决问题。当然，你也可以安装使用 WSL2 中的 Docker 守护进程的桌面管理程序，详见：WSL2 + Docker + xfce4 安装及使用_笔上烽烟的博客-CSDN 博客_docker wsl2[2]。</p><p>代码语言：javascript代码运行次数：0<svg fill="none" height="16" viewbox="0 0 16 16" width="16" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg"><path d="M6.66666 10.9999L10.6667 7.99992L6.66666 4.99992V10.9999ZM7.99999 1.33325C4.31999 1.33325 1.33333 4.31992 1.33333 7.99992C1.33333 11.6799 4.31999 14.6666 7.99999 14.6666C11.68 14.6666 14.6667 11.6799 14.6667 7.99992C14.6667 4.31992 11.68 1.33325 7.99999 1.33325ZM7.99999 13.3333C5.05999 13.3333 2.66666 10.9399 2.66666 7.99992C2.66666 5.05992 5.05999 2.66659 7.99999 2.66659C10.94 2.66659 13.3333 5.05992 13.3333 7.99992C13.3333 10.9399 10.94 13.3333 7.99999 13.3333Z" fill="currentcolor"></path></svg>运行<svg fill="none" height="16" viewbox="0 0 16 16" width="16" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg"><path clip-rule="evenodd" d="M4.5 15.5V3.5H14.5V15.5H4.5ZM12.5 5.5H6.5V13.5H12.5V5.5ZM9.5 2.5H3.5V12.5H1.5V0.5H11.5V2.5H9.5Z" fill="currentcolor" fill-rule="evenodd"></path></svg>复制

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javascript

544d86a583c877780b83a3b31e226465 | shdocker -vDocker version 20.10.7, build 20.10.7-0ubuntu5~18.04.3 sudo service docker start

<pre class="brush:php;toolbar:false;">
安装 q2 galaxy 代码语言：javascript代码运行次数：0<svg fill="none" height="16" viewbox="0 0 16 16" width="16" xmlns="<a href="https://www.php.cn/link/c9041cfd2a40932691855abd98fd219a">http://www.w3.org/2000/svg"><path</a> d="M6.66666 10.9999L10.6667 7.99992L6.66666 4.99992V10.9999ZM7.99999 1.33325C4.31999 1.33325 1.33333 4.31992 1.33333 7.99992C1.33333 11.6799 4.31999 14.6666 7.99999 14.6666C11.68 14.6666 14.6667 11.6799 14.6667 7.99992C14.6667 4.31992 11.68 1.33325 7.99999 1.33325ZM7.99999 13.3333C5.05999 13.3333 2.66666 10.9399 2.66666 7.99992C2.66666 5.05992 5.05999 2.66659 7.99999 2.66659C10.94 2.66659 13.3333 5.05992 13.3333 7.99992C13.3333 10.9399 10.94 13.3333 7.99999 13.3333Z" fill="currentcolor"></path></svg>运行<svg fill="none" height="16" viewbox="0 0 16 16" width="16" xmlns="<a href="https://www.php.cn/link/c9041cfd2a40932691855abd98fd219a">http://www.w3.org/2000/svg"><path</a> clip-rule="evenodd" d="M4.5 15.5V3.5H14.5V15.5H4.5ZM12.5 5.5H6.5V13.5H12.5V5.5ZM9.5 2.5H3.5V12.5H1.5V0.5H11.5V2.5H9.5Z" fill="currentcolor" fill-rule="evenodd"></path></svg>复制```javascript
sudo docker pull quay.io/qiime2/q2galaxy# 运行docker run -d -p 8080:80 -p 8021:21 -p 8022:22 -v $HOME/q2galaxy_data/:/export/ quay.io/qiime2/q2galaxy

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初次运行时，应该会有一个初始化的过程，等待几分钟，观察进程运行起来，CPU 占用率上升后，就可以打开浏览器访问 https://www.php.cn/link/ec25d36848f1c8eed1c6729bb73fc7f9] 愉快地使用了！

搭建自己的本地云平台，QIIME2图形界面玩转16S分析（WSL2+Docker+Galaxy qiime2）与之前印象中的 Galaxy 不同（界面像是十几年前的），现在的版本在视觉元素上有了现代化的感觉，一些公司的云平台也是基于 Galaxy 构建的。文件都存储在你的 Linux 子系统家目录下的 q2galaxy_data 文件夹中，如果没有该文件夹，会自动创建。